Reformatoren Jean Calvin var franskmand, men måtte på grund af sin tro flygte til Schweiz. I Frankrig stod den katolske kirke stærkt, og protestanter blev forfulgt. Trods forfølgelserne var der dog mange franskmænd, der gik over til calvinismen. De blev af ukendte årsager kaldt huguenotter.
Den presbyterianske kirkeordning
I det katolske Frankrig kunne calvinisterne ikke etablere et teokratisk styre som i Zürich og Genève. I stedet skabte de den første protestantiske landskirke, der var uafhængig af staten. Hver enkelt kirke fik et ældsteråd (konsistorium). Over ældsterådet stod kredssynoder, provinssynoder og øverst Nationalsynoden. Denne struktur kaldes for den presbyterianske ordning.
Huguenotterne blev forfulgt
Forfølgelserne af huguenotterne nåede et højdepunkt med Bartholomæusnatten d. 24. august 1572. Her blev tusinder af protestanter dræbt alene i Paris. På landsplan omkom flere end 20.000. Reformationen lod sig dog ikke standse.
Tusindvis af franske protestanter blev dræbt natten til d. 25. august (Bartholomæus' dag) 1572. Her skildret af Francois Dubois, ca. 1572-84.
Kong Henrik IV indførte med Nantes-ediktet i 1598
en vis religionsfrihed, som protestanterne en tid nød godt af. Dog
standsede forfølgelserne ikke helt. Frankrig var Europas førende
katolske stat, og huguenotterne var i bedste fald på tålt ophold. Deres
kirker blev lukket, præster blev landsforvist og lægfolk
tvangskatoliceret. Den reformerte kirke svandt ind, men overvintrede
dog, indtil den i 1700-tallet med Oplysningstiden fik bedre kår.
Fra Frankrig bredte calvinismen sig til Nederlandene, hvor den reformerte kirke hurtigt blev stor, på trods af at den også her blev udsat for forfølgelse.