Luther var provokerende nok til at blive lyst i band af paven. Alligevel mente mange, at Luther ikke gik vidt nok i sin kritik. Radikale kræfter krævede reformer af både kirke og stat, og især i syd- og midttyskland bredte sig en revolutionær stemning.
Under indflydelse af den yderliggående reformator Thomas Münzer begyndte bønderne at mene, at det var deres pligt som kristne at bekæmpe samfundets magthavere, som var skyld i bøndernes nød og fattigdom. Dette synspunkt tog de fejlagtigt Luther til indtægt for.
Bondeoprøret
Bønderne lod deres sociale indignation få frit løb, og der udbrød et blodigt oprør. Münzer opmuntrede bønderne, da han mente, urolighederne var begyndelsen til Dommedag og dermed Kristi genkomst. Luther blev derimod forarget over bøndernes grusomme fremfærd og opfordrede fyrsterne til at slå dem ned som gale hunde.
Bønderne blev besejret i 1525, og de blev
straffet ualmindelig brutalt. Luther var rystet, men fastholdt sit
synspunkt. Han mente, at der burde være et skarpt skel imellem kirkelig
og samfundsmæssig magt, og han modsatte sig derfor enhver form for religiøst
begrundet oprør.
Oprørske bønder har omringet en ridder under bondekrigen. De bærer en Bundschuh-fahne med billede af en bondesko med snøre. (Træsnit, 1539)
Reformationen breder sig
En splittelse af kirken syntes efterhånden uundgåelig. I 1526 fik de enkelte tyske fyrster frihed til selv at vælge, hvilken trosretning, der skulle gælde i deres delstater. Flere fyrster valgte at oprette lutherske kirker. I løbet af 1520’erne og 30’erne bredte Reformationen sig til det meste af det tysk-romerske rige, og de nordiske lande sluttede sig til. Også i Polen, Østrig og Ungarn vandt lutherdommen udbredelse.