Efter at Christian II var blevet afsat, blev hertug Frederik af Slesvig og Holsten valgt til konge af Danmark. Frederik I måtte i sin håndfæstning love at holde hånden over den katolske kirke og forfølge de lutherske kættere. Et løfte, han kun delvist formåede at holde, da Reformationen skulle vise sig at være vanskelig at holde fra døren.
Junker Christian reformerer Haderslev
Kong Frederiks søn, Christian, var glødende tilhænger af Luther, muligvis fordi han som 18-årig selv havde hørt Luther forsvare sig på Rigsdagen i Worms. I 1525 blev Christian tildelt den nordligste del af Slesvig, og her begyndte den unge junker at indføre en luthersk kirkeordning. Han oprettede en luthersk præsteskole, afsatte den katolske domprovst og indsatte selv evangeliske præster i forskellige embeder. Alt dette medførte, at Haderslev fik tilnavnet Nordens Wittenberg.
Hans Tausen bragte Reformationen til Viborg
Et andet hovedcenter for Reformationen var Viborg. Her begyndte johanittermunken Hans Tausen i 1525 at prædike luthersk teologi. Tausen havde været i Wittenberg i 1523-24 og var dér blevet tilhænger af den lutherske lære. Han tog i 1526 det dristige skridt at præstevie sin ven Jørgen Sadolin, som også kom til at virke i Viborg.
Dette betød et brud med den apostolske efterfølgelse, dvs. det princip, at enhver præst bliver præsteviet af en biskop, som selv er viet af en biskop osv. tilbage til Apostlen Peter. Det spændende var nu, hvad kong Frederik I havde tænkt sig at gøre ved denne alvorlige provokation mod den katolske kirke.
Præsten Hans Tausen var en af de drivende kræfter bag Reformationen i Danmark.